物种上海南三线闭壳龟和越南三线闭壳龟没有明显区别，无亚种之分，到由于地理位置不同个体大小上有一定区别。

海南与越南地理上经度不同相同物种在个体大小，色泽上有细微差别，海南三线闭壳龟体型略大，同时色泽略暗，越南三线闭壳龟个体略小，色泽更为鲜艳一些。