对企业查账的部门有股东的外聘机构。上级的审计部门，政府的各级部门。都可以对企业进行查账，比如说正门，税务部门，工商部门。甚至说环境城管部门都可以对企业进行查账。

只要企业涉嫌违反相关的规定政府各机关部门的有权对企业进行查账，查账的目的就是来确定违反规定所涉及的金额，确定金额用你做饭啊。