是的，支付宝提取公积金后，剩下的余额仍然会留在账户里。根据规定，使用支付宝提取公积金时，必须要留下一个月的公积金款在账户里面。也就是说，用户可以提取的额度是账户已有额度减去必须要留下的一个月的额度，这个最后得到的额度才是用户可以提取的金额。因此，提取公积金后，账户里仍然会有一部分余额。

以上信息仅供参考，如果还有疑问，建议咨询支付宝客服或公积金管理中心。