通常不会直接记入档案。延学申请是指学生因某些原因无法按时入学或无法参加某门课程，需要向学校提出申请延长入学时间或退学的证明。这些证明文件主要是为了方便学校进行学生管理、学籍档案等工作而准备的，并不直接记入个人的档案。

然而，具体规定可能因地区、学校以及相关法规而有所不同。有些地方可能会将延学申请的证明作为个人档案的一部分，用于办理相关手续或申请其他教育机会时使用；而有些地方则可能不会将这些证明记入个人档案。因此建议您咨询所在地的教育部门或学校相关部门以获取准确信息并了解相关规定。