如果在烤鱼中发现了虫子，应该首先与店家协商解决，如果无法达成一致，可以选择以下几个部门处理：

保留好相关证据，如照片、录像等，并与餐厅经理或老板沟通，说明情况并要求赔偿。

可以向消费者权益保护协会投诉商家的食品质量问题。

向市场监督管理局或消费者协会投诉。

根据与经营者达成的仲裁协议，提请仲裁机构仲裁。

以上所有措施的目的都是在保障消费者的合法权益不受损害。