南京有孔子庙是因为在历史上南京曾经是中国南方的文化、政治和经济中心。孔子作为中国古代最伟大的思想家和儒学思想的创始人，他的学说影响深远，被推崇为“千古圣人”。因此，为了纪念孔子，传承并弘扬其思想，南京在古代就建立了孔庙。如今的南京孔子庙建于明代嘉靖十八年，是中国南方最大的孔庙之一。这里保存着大量关于儒家学说和孔子生平的文物、古籍和图书，吸引着广大学子和游客前来观礼和膜拜。