小宝宝理发时囟门的处理方法如下：

选择合适的理发工具 。使用专门为婴儿设计的理发工具，这些工具通常较为柔软，不会伤到宝宝的头皮。

理发前给宝宝洗头 。保持头发的湿润和顺滑，减少头发的阻力，降低受伤的风险。

不要剃光头 。剃光头会让宝宝的头皮完全暴露在外，增加受伤的风险。最好保留一定长度的头发，以保护宝宝的头皮。

不要碰到囟门 。在理发过程中，尽量避免碰到宝宝的囟门，特别是在理发器开启时。如果不小心碰到，要立即停止，检查宝宝的头皮是否受伤。

不要强行理发 。如果宝宝不配合理发，不要强行进行，可以等宝宝情绪稳定后再进行。

理发后检查 。理发后，要仔细检查宝宝的头皮，确保没有受伤或头发残留。