1. 避免法律风险：根据相关法规，企业对社会保险的缴费具有连带责任。如果公司未及时缴纳社会保险，可能会面临罚款或其他法律责任。因此，公司可能不愿意开具补缴社保证明以避免涉及法律风险。
2. 经济成本：补缴社保意味着公司需要额外支付之前未缴纳的保险费用，这对公司来说是一笔财务负担。为了降低成本，公司可能选择不开具补缴社保证明。
3. 不合规操作：有些公司可能存在故意不缴纳社会保险或违规操作的情况。这些公司可能不愿意开具补缴社保证明，因为这将暴露他们的违规行为。
4. 劳动关系问题：一些公司可能与员工存在劳动关系问题，例如未签订劳动合同或存在不合理的解雇行为。在这种情况下，公司可能不愿意开具补缴社保证明，以避免进一步揭露潜在的劳动纠纷。
需要注意的是，根据劳动法和相关规定，公司应当依法为员工缴纳社会保险，员工可以要求公司提供相应的社保缴费证明和个人缴费明细。如果公司未正常缴纳社会保险，员工可以向劳动监察部门投诉或采取法律措施来维护自己的权益。