二手车公司报增值税时，应该使用二手车销售发票上的金额作为计算基数。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，纳税人销售货物或者提供应税劳务取得的价款、酬金等收入是计算增值税应纳税额的基础。

因此，在二手车交易过程中，如果卖方开具了正规的二手车销售发票，则买方在购买后需要将这张发票用于报账申报，并按照其中标明的金额进行缴纳相应的增值税。同时，在填写相关申报表格时也需要将该笔交易所涉及到的金额列入进去。

需要注意的是，如果卖方没有开具正规发票或者存在虚假记录等情况，则可能会对买方产生不良影响。因此，在进行二手车交易时建议选择信誉度高、口碑好并且有资质证书等合法经营资质认证机构出具有效证明文件以确保自身权益。