光等离子除菌和巴氏除菌是两种不同的杀菌方法，它们在杀菌原理、效果和应用场景等方面存在一些区别。

光等离子除菌主要通过产生高能离子和自由基来杀灭细菌、病毒和真菌等微生物。这种技术具有较高的杀菌效果，可以彻底快速地杀灭各种微生物，包括一些耐热菌和芽孢菌。因此，光等离子除菌在一些需要高度杀菌的场合，如手术室、实验室等得到了广泛应用。

而巴氏除菌则是一种通过高温处理来灭菌的方法。它利用病原体不是很耐热的特点，在适当的温度和保温时间下将其全部杀灭。巴氏除菌对一些耐热菌和芽孢菌的杀灭效果较弱，因此在一些需要更高杀菌效果的场合，如食品加工、医疗器械等领域，可能需要使用其他更高效的杀菌方法。

总的来说，光等离子除菌和巴氏除菌各有其特点和适用场景。在选择杀菌方法时，需要根据具体情况综合考虑杀菌效果、成本、安全性等因素。