新生儿住院报销流程是：

1、需将新生儿的住院发票、费用明细单、住院病历、监护人身份证复印件等相关材料交所在区医保办；

2、参保后新生儿需住院的，住院时凭无卡证明办理住院手续；

3、出院结算时，使用医保结算系统结算，只支付个人自负部分。