黄酒和清酒在原料选择上也有着明显的区别。黄酒的主要原料是糯米或粳米，而清酒的主要原料是粳米或山田锦。

黄酒和清酒还会使用不同种类和比例的曲菌（或白曲）和酵母。曲菌（或白曲）是一种真菌，能够产生淀粉酶，将淀粉转化为糖分。不同种类和比例的曲菌（或白曲）会影响黄酒和清酒的香气、口感和风味。