在提交毕业论文和查重报告的时候，一般的做法是将两个文件分别上传至指定的系统或平台，并在提交论文的页面中同时上传查重报告。具体操作方法可能因平台而异，需要仔细阅读并遵守提交要求。此外，为确保上传的文档无误，可以先将文件保存在本地，核对完毕后再上传。若有疑虑或不清楚要求，可以咨询指导老师或相关机构。