结局是神龟们各个骁勇善战,身怀绝技,为了维护正义,保卫城市家园,他们同狡猾的巴克斯特斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者展开殊死搏斗。

里奥失去了记忆，成为反派，最后被拉斐尔唤醒，兄弟四人团聚后，大家都上了天堂。