医师资格证书目前仍然只有纸质版，但已经有电子版医师执业证书。电子版证书的实行可以方便执法机构查验，防止证书的伪造和丢失。因此，如果医师资格证书丢失，使用电子版进行补办是一个可行的解决方案。