手摇咖啡和咖啡机制作的咖啡在多个方面存在显著的区别。

首先，从制作过程来看，手摇咖啡是将咖啡粉加入滤纸中，再倒入热水，通过滴漏方式制作。而咖啡机则是将水加热后通过高压力将水与咖啡粉混合制作出来。这种制作方式的不同也导致了口感上的区别。

其次，手摇咖啡因其独特的制作方式，可以更好地提取出咖啡豆中的香气和风味物质，使得手冲咖啡更加醇厚且富有层次感。而咖啡机制作的咖啡则可能会稍显平淡，尽管现代化的高级机器已经能够模拟出类似手冲过程中所需参数，但仍然无法完全达到手工操作时所带来的复杂性与个性化。

另外，从成本角度来看，手摇咖啡相对于使用咖啡机来说更加经济实惠。虽然购买一个优质的手冲设备可能会有一定费用，但是其它所需材料如滤纸、水壶等价格相对较低，并且可以反复使用。

最后，从环保角度来看，手冲咖啡也更加可持续。