东山卧佛寺荒废的原因包括历史、自然、文化等多个方面。据历史记载，东山卧佛寺曾起于唐代，兴盛于宋代，但在明末清初时遭到破坏，随后再次重修，但在文化大革命期间遭受破坏。

自然条件方面，东山地区属于高寒地带，气候条件恶劣，多年风吹雨打导致建筑物老化。另外，效益方面也是导致荒废的原因之一，随着时代发展和人们信仰观念的改变，寺庙的功能与意义逐渐减弱，导致维护难度增大，市场化运作手段尚未得到适当运用。