祁连山秋色最佳时间是在9月至10月间。这段时间正好是祁连山的秋季，天气晴朗干燥，空气清新，山上的树木和草地变换出各种色彩，金黄色的松林、红色的枫树、橙色的柿子树等等，让人目不暇接。此外，这个季节还是祁连山的适宜登山期，旅游人数相对较少，游客可以尽情地享受大自然的美景和宁静，同时还有机会观赏到祁连山特有的野生动植物，是一个非常值得前往的季节。