大众凌渡过坑时咕咚咕咚响是因为其悬挂系统正在发挥作用。具体地说，凌渡采用了独立悬挂系统和弹簧减震器，在过坑时，轮胎与地面的接触发生升降，不同程度的震动被弹簧吸收、减缓，同时，加入的防护管还会发出咕咚咕咚的声响。

这种声音不仅是悬挂系统正常工作的表现，也有效地减少了车辆行驶时的震动和噪音，提高了乘坐舒适感。