应该扣除。

因为税收优惠是在纳税人符合一定条件后享受的减免税款或者税收抵免的政策，这种政策的作用是降低纳税人的负担，增加企业投资的积极性，提高税收的实际收入。

因此，在结算审计时，应该扣除纳税人享受的税收优惠，以确保税收的公平、公正和透明。

此外，政府应该加强对税收优惠的监管和管理，以避免非法逃税和滥用税收优惠的行为。