员工工伤住院后是需要填写自费的。

因为工伤的治疗费用是不能使用其他报销进行报销，是需要治疗完毕之后统一进行工伤待遇审核报销的。

员工需要先做工伤认定，再做工伤鉴定等级，只有工伤鉴定等级出来才能报销工伤有关费用。