需要赔偿损失。

因为营运车辆行驶必须符合相关的法律法规，如果车辆证件不合法，就不能够营运，否则一旦发生事故，就需要承担相应的赔偿责任。

停运时期车辆的损失不仅包括停放期间的损失，还包括前期本该营运时期的收益损失以及可能的修理费等。

如果有责任方，责任方应该赔偿相应的停运损失。

在现实生活中，营运车辆证件不合法造成的事故并不少见。

因此，我们应该重视车辆证件的合法性，防止发生此类事故。

同时，相关部门也应该加强对营运车辆证件的管理和监管，为公众的生命财产安全提供更加可靠的保障。