菩提根串三孔可以通过以下步骤：首先选择好三条大小适中、形状差不多的菩提子，然后用蜡线将它们穿起来，保持整齐。

在串的时候，要注意将最上方的孔、中间的孔、以及最下方的孔依次穿过，确保每个孔都穿过线。

最后，可以根据喜好在绳子两端加上佛珠或其他吉祥物，同时打上结实的结，以防止菩提根串散开。通过这样的步骤，就可以成功的将菩提根串成三孔，可以佩戴在颈部或手腕上，具有辟邪、镇宅、护身等功效。