主要区别在于支付方式和时间。银行代发是指将生育津贴直接转入员工银行账户，通常在申请成功后的3-5个工作日内到账；单位发放则是直接由公司发放，通常会和工资一起发放，时间会有所延迟。此外，银行代发具有支付安全、即时到账等优势，但可能需要承担一定的手续费。