如果程序员离职，公司账户下的 GitHub 账户需要将其删除或取消对该账户的访问权限。具体操作如下：

1. 公司管理员登录 GitHub 账户，进入该程序员所在的团队或组织。

2. 单击“People”或“Members”，找到该程序员的账户。

3. 对该程序员的账户单击“Remove”或“Delete”，按照 GitHub 的提示进行操作。

在这个过程中，应该注意以下几点：

1. 在删除该程序员账户之前，应该将其私有仓库的访问权限转移给其他人或者团队，否则仓库将被永久删除。

2. 如果该程序员创建了一些 Git 提交，建议将这些记录（Commits）重新分配给其他人或团队，以保留工作记录和历史数据，避免因为 GitHub 账户的删除导致数据丢失。

3. 需要确保该程序员的工作和代码处于安全状态，删除该程序员账户后，应该检查所有关联的 Git 存储库，防止数据泄露或丢失。