南瓜糯米丸子做好之后装入食品包装袋中，放进冰箱冷冻，可以保存较长时间。

南瓜糯米丸子因为是用生水调制的，混入了大量微生物，在室温环境下存放不超过4小时仍可煮熟食用，超过8小时就变质变酸馊坏了，所以不宜在室温下存放，在冰箱冷藏室也不宜超过三天，建议放入冰箱冷冻能够保存较长时间。