东莞长牌的电动单车是否能在深圳跑，需要根据深圳市关于电动自行车管理的具体规定来判断。通常情况下，各个城市都会有自己的电动自行车登记和管理制度，包括电动自行车的牌照发放、上路规定等。

如果东莞长牌的电动单车已经按照深圳市的要求完成了登记，并且获得了合法的牌照，同时车辆和骑行者符合深圳市的相关规定（例如佩戴安全头盔、遵守交通规则等），理论上是可以在深圳市范围内行驶的。

但如果电动单车未按深圳市规定进行登记或者不符合深圳市的上路标准，那么可能就无法在深圳行驶，并且可能会受到处罚。

建议在计划将电动单车带到深圳前，先咨询当地的交通管理部门，了解最新的电动自行车管理政策和要求，以确保合法合规地行驶。