电子专用抵扣联的办理方法如下：

1.打开发票管家应用，点击“发票抵扣联”功能，进入页面；

2.点击“点击上传电子专用发票”，并上传相关电子发票；

3.点击“下一步”，填写企业信息；

4.点击“确认信息”，完成发票抵扣联的办理。