时间不同。黄巾起义，是东汉晚期的农民战争，也是中国历史上规模最大的一次宗教形式组织的民变之一，因全国大旱，颗粒不收而赋税不减，走投无路的贫苦农民在巨鹿。

黄巢起义则是是唐末民变中，历时最久，遍及最大，影响最深远的一场农民起义，其领导人是叫黄巢，故历史上称之为黄巢起义。