胚内中胚层和胚外中胚层的主要区别在于它们在胚胎发育过程中的位置和功能。胚内中胚层是胚胎内部的中胚层部分，它主要负责形成胎儿的内脏、肌肉、骨骼和其他内部器官。而胚外中胚层则位于胚胎外部，负责形成胎儿的皮肤、胎盘和脐带等结构。此外，胚外中胚层还参与形成母体的子宫和胎盘等结构，在维持母体和胎儿之间的物质交换和营养物质传递中发挥着重要作用。