格力多联机主机并联是指多台主机同时运行，根据负荷大小自动调节启停台数，实现能耗均衡。而独立运行则是每台主机根据负荷大小独立运行，互不影响。并联模式适用于大范围变化负荷，能够更加高效地运行，而独立模式则更适用于负荷相对稳定的情况下，能够实现更精细的控制。两种运行模式各有优势，可根据具体需求进行选择，以达到最优的能源利用效果。