乌蒙骨酒最早出自中亚大陆的畏兀儿，即今日的维吾尔族。自成吉思汗率铁骑横扫欧亚大陆时，畏兀儿首领亦都护率先旧附。蒙古人此时将其自己的酿造方法与畏兀人的酿造方法进行交融后形成一种独特的果酒酿造。

其一是将葡萄捣碎再用果实上常有的天然酵母菌自然发酵。此时的葡萄酒主要做为蒙古大汗及宫廷用酒。

其二是将葡萄与糜子混酿加酒曲，此法蒙古民间饮用较多。此外还有枣酒、椹子酒等多种果实酒。