D2421次动车时刻表经过的站点有东莞南站、深圳北站、惠阳站、鲘门站、汕尾站、潮汕站、诏安站、云霄站、厦门北站、泉州站、莆田站、涵江站、福州南站、罗源站、宁德站、太姥山站、福鼎站、瑞安站、温州南站、温岭站、三门县站、宁波站、余姚北站、绍兴东站、杭州南站、杭州东站、临平南站、嘉兴南站、上海虹桥站，