荧光素钠和吲哚菁绿都是荧光染料，但它们的结构不同，因此具有不同的化学和物理特性。荧光素钠主要用于生物医学领域中的荧光检测，而吲哚菁绿更常用于显微镜下的活细胞成像。

另外，荧光素钠的激发波长为330-360nm，发射波长为520-650nm；而吲哚菁绿的激发波长为488nm，发射波长为505-550nm。