医改后特殊病种住院是可以报销的，特殊病种的，患特殊病种的参保人员可在本人选定的定点医疗机构，“一站式”完成申报、备案、治疗、结算及待遇查询等手续。完成特殊病备案流程的参保人，可享受特殊病种有关报销政策，减轻门诊就医负担。

患特殊病的参保人员在所选的特殊病定点医院填写申报表，由医师签字后，持社保卡到医院医保办公室办理备案手续。完成备案后，即可在该院进行治疗，无需再到单位、经办机构办理手续。