新能源汽车涉水保险公司会按照以下方式进行赔偿：新能源汽车涉水保险公司会根据保险合同约定的条款和条件进行赔偿。

涉水保险是一种特殊的保险，主要是针对新能源汽车在涉水情况下可能遭受的损失进行保障。

当新能源汽车发生涉水事故时，保险公司会根据保险合同的约定，对涉水造成的损失进行赔偿。

具体的赔偿方式和金额会根据保险合同的条款和条件而有所不同。

一般来说，涉水保险会覆盖新能源汽车的电池、电机、电控系统等关键部件的损失，并且可能还包括车辆的维修费用或者残值补偿。

保险公司可能会要求车主提供相关的证明材料，如事故发生地点、时间、涉水深度等证明，以便进行理赔。

因此，在购买涉水保险时，车主应该仔细阅读保险合同，了解具体的赔偿范围和条件，以便在发生涉水事故时能够及时申请理赔。