南京社保扣款余额不足没扣到，可以按照以下步骤操作：

补缴。个体参保人员以银行代扣方式缴费的，若当月的社保费用未扣款成功，正常情况下会在次月进行补扣，需在下个月扣款之日前存够两个月的缴费金额进行补扣。

重新签订协议。若连续两个月未扣款成功，则需持本人身份证、社保卡到参保社保局进行补缴并重签银行代扣协议。

具体详情请咨询当地人社局。