钻井机100米深水泵应该放在水位以下的深度，一般情况下建议放置在80至90米的水深处，在此深度可保证水泵输送水源不受干扰，同时也减少泵的进水压力，降低泵的阻力，提高钻井效率。

需要根据实际情况进行具体分析，考虑水源的质量、流量及地质情况等因素，以确保钻井机安全、有效地进行工作。