上海、杭州和南京都是中国东部的重要城市，各有各的魅力和特色，最佳的旅游季节如下：

1.上海：上海的最佳旅游季节是春秋两季，也就是3月至5月和9月至11月。这个时候天气适宜，既没有夏天的炎热也没有冬天的寒冷，非常适合游览。

2.杭州：杭州被誉为“人间天堂”，最佳旅游季节是春季和秋季，也就是3月至5月和9月至11月。这个时候西湖边的花朵盛开，景色宜人。

3.南京：南京四季皆可游，但秋季的景色尤为迷人，尽显六朝古都的韵味。所以，如果你想欣赏南京的秋景，可以选择在10月至11月前往。

以上只是一般的建议，具体的行程还需要根据你的兴趣爱好和时间安排来决定。