您好，重大特慢病救助基金会作为非营利组织，可以享受免税待遇，但仍需要按照相关规定填报所得税。具体操作如下：

1. 登录国家税务总局网站，下载《非营利组织所得税汇算清缴表》和《非营利组织所得税汇算清缴申报表》。

2. 根据所得情况填写《非营利组织所得税汇算清缴表》。

3. 根据填写的《非营利组织所得税汇算清缴表》填写《非营利组织所得税汇算清缴申报表》。

4. 在填写申报表时，需要注明重大特慢病救助基金会的非营利组织资格，以便享受免税待遇。

5. 填写完毕后，将申报表和相关证明材料一并提交至当地税务机关。

需要注意的是，重大特慢病救助基金会需要每年进行所得税汇算清缴，以确保符合相关规定。