飞雁系统是否能查出超员，取决于该系统的功能和设计。

飞雁系统可能是一种特定的管理系统或监测系统。

如果该系统具备以下功能，就有可能查出超员情况：

1.车辆信息采集：能够获取车辆的载客数量等相关数据。

2.实时监控：实时监测车辆的载客情况。

3.数据分析：通过对采集的数据进行分析，判断是否存在超员。

然而，具体能否查出超员还需考虑以下因素：

1.系统的准确性和可靠性：确保系统采集的数据准确无误。

2.车辆的配合：车辆上可能需要安装相应的设备来传输数据。

3.人为因素：可能存在人为操作不规范或故意隐瞒超员情况。

要确定飞雁系统是否能有效查出超员，需要了解该系统的具体功能和实际运行情况。