由于它们所处的地理位置和所含的物质不同。扎陵湖位于青海省黄南藏族自治州尖扎县境内，黄河的支流卡日曲的北岸，海拔约4650米；鄂陵湖位于青海省海南藏族自治州共和县境内，黄河的支流龙羊河的北岸，海拔约4683米。

扎陵湖所处的地理位置较高，气候寒冷，水中的矿物质含量较低，因此湖水呈现出较为清澈的颜色，呈现出蓝色或淡蓝色；而鄂陵湖所处的地理位置较低，气候温暖，水中的矿物质含量较高，因此湖水呈现出较为浑浊的颜色，呈现出棕色或深棕色。

此外，扎陵湖中含有大量的硫酸铜，而鄂陵湖中含有大量的硫酸镁，这也是导致两个湖泊颜色不同的原因之一。