在大多数情况下，非深户交单交灵活医保不会直接影响车牌更新。车牌更新通常受车主的车辆信息、交规遵守情况、车辆登记手续等因素影响。然而，深户和非深户在某些地区可能会有一些不同的政策规定，某些地区可能存在对非深户交单交灵活医保车主的限制或额外要求。因此，在进行车牌更新前，建议您查看当地相关政策，以确保手续齐全和顺利办理。