南京综合高中考试和普高考试难度上可能有所不同，但具体难度取决于多种因素，如考试内容、考生自身情况、招生名额等。

一般来说，普高考试难度相对较高，因为普高的教学内容和考试要求通常比综合高中更加深入和广泛。普高的学习难度要比初中增加很多，需要投入更多的时间和精力来学习课程。而综合高中则可能更加注重实践和应用，考试难度可能相对较低，但也需要考生掌握一定的基础知识和技能。

此外，考试难度还与考生自身情况有关，如学习基础、学习习惯、兴趣爱好等。如果考生在学习上比较扎实，掌握了考试所需的基础知识和技能，那么无论是普高还是综合高中的考试，难度都可能相对较低。

最后，招生名额也会对考试难度产生影响。如果招生名额有限，那么竞争就会更加激烈，考试难度也会相应提高。

因此，无法简单地回答南京综合高中考试和普高考试哪个更难，需要具体情况具体分析。如果您正在考虑报考南京的综合高中或普高，建议您了解相关学校的招生政策、考试内容和要求，并结合自身情况做出选择。