马云是阿里巴巴的股东。马云通过特殊的股权架构，如合伙人制度，实现了对阿里巴巴的控制，虽然他只有6.4%的股份，但却拥有74.7%的投票权，拥有完全的控制权。因此，马云虽然不是阿里巴巴的最大股东，但却是阿里巴巴的实际控制人。