在晚上温度只有6度的情况下，瓜棚里的苗子有可能受冻。尽管瓜类植物通常对寒冷有一定的抵抗力，但如果温度持续低于10度，就有可能对苗子造成伤害。尤其是在霜冻的情况下，苗子更容易受到冻害。因此，在这种情况下，建议采取一些保暖措施，如覆盖保温布或搭建简易的温室，以确保苗子不会受到冻害，保障植物的生长和发育。