如果在马来西亚捡的贝壳被海关查到，一般情况下会被扣留，没收甚至关黑屋。

这可能是因为商品的金额超过了个人免税的1000元限额。

在这种情况下，你需要到海关的相关工作处缴纳相应的税款后才能将贝壳领回。

然而，如果这些贝壳属于违禁品或者是违法行为，那么它们可能无法被退还，违禁品可能会被没收，而违法的行为则可能会导致法律责任。