深圳南山瑞慈体检中心位于南山区深南大道与科技园南路交汇处，周边有多条公交线路到达，但要乘地铁，可搭乘地铁1号线到世界之窗站，出G口步行约5分钟即可到达。若乘坐地铁2号线可在大剧院站换乘1号线，抵达世界之窗站再按前述步骤前往。总体而言，使用地铁前往深圳南山瑞慈体检中心十分方便，交通便利。