要开通北京社保扣费的三方协议，需要按照以下步骤进行操作：

1. 登录北京市社会保险网站，选择“雇主服务”菜单下的“三方协议管理”选项。

2. 点击“新增三方协议”按钮，填写相关信息，如单位编号、账户名称、账号、开户银行等信息。

3. 确认协议内容，阅读并勾选同意《三方协议》。

4. 选择使用的扣费方式，如银行托收、代发工资等。

5. 确认信息无误后，提交申请。

6. 等待社保局审核通过后，会通知单位进行签字确认。

7. 完成签字确认后，三方协议开通成功。