1. 参保对象不同：居民医保主要面向未参加职工医保的居民，包括儿童、老年人、无业人员等。而灵活就业医保主要面向灵活就业人员，如自由职业者、个体户等。
2. 缴费标准不同：居民医保的缴费标准相对较低，每年在几百元到几千元不等。而灵活就业医保的缴费标准相对较高，一般每年在几千元到几万元不等。
3. 报销比例不同：居民医保的报销比例相对较低，一般在50%到70%之间。而灵活就业医保的报销比例相对较高，一般在70%到90%之间。
4. 保险待遇不同：居民医保的保险待遇相对较低，主要包括住院、门诊等医疗费用的报销。而灵活就业医保除了住院、门诊等医疗费用的报销外，还增加了生育保险、工伤保险等其他保险待遇。
5. 缴费期限不同：居民医保是按年缴费的，而灵活就业医保则是按月缴费的。
总体来说，南京居民医保和灵活就业医保在参保对象、缴费标准、报销比例、保险待遇和缴费期限等方面存在明显的差异。选择哪种医保取决于个人的具体情况和需求。